Coenen begon zijn carrière bij de VRT bij Studio Brussel. Daar werkte hij als producer mee aan onder meer Het Leugenpaleis en Studio Kafka. Tussen 2000 en 2002 was hij netmanager van Radio Donna. Tussen 2002 en 2005 was Coenen nethoofd van Studio Brussel. Hij zorgde ervoor dat de zender niet langer geassocieerd stond met een nichepubliek en het een breder draagvlak kreeg. In 2005 werd hij aangesteld als algemeen directeur van VRT Radio. In die functie was hij betrokken bij de naamsverandering van Radio 3 in Klara. Vanaf 2007 was hij algemeen directeur strategie van de VRT.

Tussen december 2010 en mei 2014 was Coenen nethoofd van Canvas. Hij begeleidde er onder meer de ontkoppeling van Canvas en kinderzender Ketnet. Hij stapte op omdat er een meningsverschil was over de vernieuwing van de zender. Hij kondigde meteen ook aan dat hij de VRT verlaat.

Sinds 2015 is Mark Coenen als opleidingshoofd verbonden aan de opleiding Journalistiek van Hogeschool PXL Ook werkt hij als adviseur voor de communicatie bij de Universiteit Gent.