Cornelis (Cees) Dekker is een Nederlandse natuurkundige en universiteitshoogleraar verbonden aan de Technische Universiteit Delft. Sinds 2010 is hij tevens directeur van het Kavli Institute of Nanoscience in Delft.

Zijn vakgebied is de moleculaire biofysica; hierbij beweegt hij zich op het grensvlak van de natuurkunde en de biologie waarbij hij gebruikmaakt van de zogeheten nanotechnologie, de technieken om aan enkele atomen en moleculen te kunnen meten. Dekker heeft fundamentele ontdekkingen gedaan op het gebied van koolstof nanobuisjes. Mede vanwege deze werkzaamheden is hij al jaren de meest geciteerde fysicus in Nederland. Tegenwoordig onderzoekt hij met enkel-molecuultechnieken de biofysica van moleculen in de biologische cel.

Dekker is naast zijn wetenschappelijk werk ook bekend vanwege zijn belangstelling voor de relatie tussen geloof en wetenschap en de discussie rond intelligent design in 2005.